La préparation de la génération 2007-2013 a débuté par une année de large concertation sur l’avenir des contrats, au cours de laquelle la DIACT a recueilli les différents avis formulés par un certain nombre d’instances. Afin de préparer les décisions gouvernementales, un inspecteur général des finances et un inspecteur général de l’administration ont élaboré une synthèse des contributions qui a été remise en mars 2005 au Premier ministre.
 
Tout comme cela avait été le cas lors des précédentes générations de contractualisation État-Régions, la DIACT s’est ensuite vue confier, lors d’un CIACT (celui du 6 mars 2006), la coordination interministérielle des travaux préparatoires des contrats de projets 2007-2013. La démarche a consisté à fournir de grands documents de cadrage aux préfets de région et à recevoir des éléments de stratégie.

En complément de la circulaire du Premier ministre du 6 mars relative à la préparation des CPER et à l’élaboration de la stratégie de l’État, la DIACT a préparé trois circulaires aux préfets de région. Les préfets de région ont, pour leur part, réalisé un diagnostic territorial afin d’identifier les enjeux et les grands projets susceptibles d’être contractualisés. Plusieurs cycles de réunions interservices se sont déroulés à la DIACT avec les SGAR et les préfets, pour analyser ces stratégies aux regards des orientations prises en CIACT.

La DIACT a ensuite assuré la coordination de la préparation des mandats de négociation en liaison avec les ministères concernés. Ils ont été remis aux préfets de région le 18 juillet 2006. Elle coordonnera ensuite le suivi de la négociation des contrats en vue de leur signature.